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PyMol

PyMol  1.1 最新版

二維碼
  • 軟件授權: 共享軟件
  • 軟件大小: 12.62MB
  • 軟件評分:
  • 軟件類型: 國外軟件
  • 更新時間: 2024-12-23
  • 應用平臺: linux
  • 軟件語言: 英文
  • 版      本: 1.1 最新版

軟件介紹 相關專題 常見問題 下載地址

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基本簡介
PyMol段首LOGO
PyMol最新版是一款開放源碼軟件。PyMol官方版是使用者贊助的分子三維結構顯示軟件。由Warren Lyford DeLano編寫,并且由DeLano Scientific LLC將它商業化。PyMol適用于創作高品質的小分子或是生物大分子(特別是蛋白質)的三維結構圖像,它致力于創造讓普遍的科學與教育社群都能取得的好用軟件工具。

PyMol截圖

PyMol軟件介紹

      軟件的作者宣稱,在所有正式發表的科學文獻中的蛋白質結構圖像中,有四分之一是使用PyMOL來制作。PyMOL是少數可以用在結構生物學領域的開放源代碼視覺化工具。軟件以Py+MOL命名:“Py”表示它是由一種計算機語言Python所衍生出來的,“MOL”表示它是用于顯示分子(英文為molecule)結構的軟件。

PyMol軟件特色

      PyMOL的界面主要由兩個部分組成,控制窗口(Control window)和顯示窗口(Viewing window)。其中控制窗口主要包括菜單欄(Pull-down menus)、操作記錄窗口(Feedback window)、常用控制按鈕窗口(Control Buttons)、命令窗口(Command line);顯示窗口主要包括可視化窗口(Display area)、對象列表(Object menu)、鼠標模式(Mouse hints)、動畫控制(Movie controls)以及命令窗口(Command line)。

PyMol軟件操作

      在對象列表窗口可以看到,每個對象都有A S H L C五個按鈕,這五個按鈕分別表示Action、Show、Hide、Label、Color,可以對相應的對象完成一些操作。

      “A”按鈕可對相應對象進行各種處理,如居中、重命名、標記、刪除等等;也可以使用預設的方案展示3D結構。

      “S”按鈕可設置相應對象的顯示樣式

      “H”按鈕可隱藏相應對象的某種樣式,也可以靈活的隱藏某些特定結構

      “L”按鈕可對相應對象添加標簽此外,可以在菜單欄點擊“Setting -> Label”對標簽的字體、大小、顏色等進行更改添加標簽后,標簽可能會被結構遮擋,此時就需要移動標簽。在鼠標模式窗口,點擊“Mouse Mode”后面的“3-Button Viewing”變為“3-Button Editing”,然后按住鍵盤“Ctrl”鍵不放,將鼠標移動到殘基標簽上方,并按下鼠標左鍵不放,然后拖動鼠標,就可以調整標簽的位置。

      “C”按鈕可對相應對象的顏色進行更改,可選擇使用系統預設的配色方案,如點擊“C -> by ss -> Helix Sheet Loop”使3D結構按照二級結構著色。

PyMol更新日志

      1.將bug掃地出門進行到底

      2.有史以來最穩定版本

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常見問題

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